中共中央港澳工作办公室、国务院港澳事务办公室官网更新信息显示，该办主要职责和最新的组织机构已经公布。
中央港澳办官网“组织机构”栏目显示，该办共有10个内设机构和2个直属单位，分别是：
秘书局：负责机关文电、会议、机要、档案、信息化、安全保密、信访、财务等机关行政事务和日常运转工作。
一局：承担落实中央港澳政策有关工作。
二局：承担政治领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
三局：承担经济领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
四局：承担文化、教育、青年等领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
五局：承担医疗卫生、民族、宗教、劳工、社会服务等领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
六局：承担协调特别行政区开展维护国家安全有关工作。
七局：承担协调涉港澳宣传工作，承担港澳新闻机构驻内地记者站和记者管理工作，承办新闻发布工作。
八局：承担涉港澳有关法律法规草案起草和司法领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
机关党委（干部局）：
负责机关及直属单位党的建设和纪检、干部人事、外事工作，领导机关群团组织的工作，承担内地人员因公赴港澳政策拟订、人员审核和港澳通行证签发管理工作。
直属单位：
港澳研究所、机关服务中心
根据中央港澳办官网“主要职责”栏目显示，该办共有11项职责，分别是：
（一）贯彻执行“一国两制”、“港人治港”、“澳人治澳”、高度自治方针，坚持依法治港治澳，执行宪法和香港特别行政区基本法、 澳门特别行政区基本法，落实“爱国者治港”、“爱国者治澳”原则，维护国家主权、安全、发展利益，促进港澳长期繁荣稳定。
（二）加强港澳工作的统筹协调、督促落实，组织开展对重大问题的调查研究，提出政策建议。
（三）组织研究起草涉港澳有关法律法规草案并提出立法建议，就基本法等涉港澳重要法律实施涉及的相关法律问题研究提出意见。
（四）支持特别行政区行政长官和特别行政区政府依法施政，推动建立完善特别行政区同宪法、基本法实施相关的制度和机制。
（五）研究提出健全特别行政区行政长官对中央政府负责的制度、完善中央对特别行政区行政长官和主要官员的任免制度和机制的措施建议。
（六）协调有关部门研究拟订支持港澳发展经济、保障民生福祉等方面的政策建议并推动落实。
（七）组织落实特别行政区维护国家安全的法律制度和执行机制工作。
（八）协调涉港澳宣传工作，依法管理港澳新闻机构驻内地记者站和记者。
（九）协助特别行政区加强宪法和基本法以及国家安全法教育、国情教育、中国历史和中华文化教育，增强港澳社会的国家意识和爱国精神。
（十）负责内地与特别行政区政府和特别行政区行政长官的官方交往和工作联系，协调推动有关部门和地方加强与港澳交流合作，指导和管理内地与港澳因公往来有关事务。对中央驻港澳机构提出的有关事宜提供意见、建议和工作协助。
（十一）完成党中央交办的其他任务。
新闻延长线：
今年3月，中共中央、国务院印发了《党和国家机构改革方案》。
方案显示，组建中央港澳工作办公室。承担在贯彻“一国两制”方针、落实中央全面管治权、依法治港治澳、维护国家安全、保障民生福祉、支持港澳融入国家发展大局等方面的调查研究、统筹协调、督促落实职责，在国务院港澳事务办公室基础上组建，作为党中央办事机构，保留国务院港澳事务办公室牌子。
不再保留单设的国务院港澳事务办公室。据了解，国务院港澳事务办公室原设秘书行政司、综合司、政研司等9个内设机构（正司局级）。
今年7月，中央港澳工作办公室领导班子亮相。据中共中央港澳工作办公室、国务院港澳事务办公室官网消息，中共中央港澳工作办公室召开会议。中央港澳工作办公室主任夏宝龙主持会议并讲话。中央港澳工作办公室副主任周霁（常务，正部长级）、郑雁雄、郑新聪、杨万明、王灵桂，中央纪委国家监委驻中央港澳工作办公室纪检监察组组长施克辉，中央港澳工作办公室室务会成员向斌出席会议。